Prima biserică a vechiului schit a fost construită în 1729 de pustnicul Agafton, de la care vine şi numele mănăstirii Schit pentru călugări, a devenit în 1740 mănăstire de maici.
Prima biserică a vechiului schit a fost construită în 1729 de pustnicul Agafton, de la care vine şi numele mănăstirii Schit pentru călugări, a devenit în 1740 mănăstire de maici. Între anii 1840 şi 1843, stareţa Agafia Curt, cu binecuvântarea Mitropolitului Veniamin Costache, a ridicat o nouă biserică din zid. Planurile bisericii au fost făcute de arhitectul-pictor Veniamin Velescu de la Mănăstirea Zagavei. S-au ostenit cu munca şi bani maicile mănăstirii şi credincioşii din zonă. I s-au făcut reparaţii în 1904, în mare parte cu banii lăsaţi de monahia Zenaida Pisoschi. În anul 1928 a urmat a doua reparaţie. Cutremurul din 1940 şi al doilea război mondial au pricinuit mari avarii bisericii. În 1955 s-au făcut reparaţii generale prin grija maicii Agafia Moise, stareţa mănăstirii şi cu ajutorul Mitropoliei Moldovei, al Ministerului Cultelor, al soborului de maici şi credincioşilor din satul Agafton. Stranele, uşile de stejar, ferestrele, s-au făcut din nou cu cheltuiala Arhimandritului Galaction Pintilie. După aceste reparaţii biserica a fost sfinţită la 6 decembrie 1955 de Mitropolitul Sebastian înconjurat de un sobor de stareţi şi preoţi, în frunte cu Protoiereul din Botoşani, Minai Gheorghiu. Trec puţini ani după această reînnoire a bisericii şi decretul 410/1959 desfiinţează Mănăstirea, iar maicile sunt alungate de aici. Biserica a trecut la parohia Agafton şi în clădirile mănăstirii s-a înfiinţat un azil pentru bătrâni. Cutremurul din 1977 provoacă noi stricăciuni bisericii, aşa că în 1978 cu osârdia Preotului paroh Gheorghe Constantinescu şi a consiliului parohial s-au făcut lucrări de restaurare atât în interior cât şi la exterior.